Comment repérer du code non libre ?

Non. Il faut lire les codes sources de chaque applications car chaque fichier peut avoir une licence différente (y compris une licence bien connue mais modifiée) et des blobs peuvent se cacher à l'intérieur du code source.

Vois par exemple de logiciels problématiques (du mauvais côté de la barrière même si proches de la barrière) : http://libreplanet.org/wiki/List_of_software_that_does_not_respect_the_Free_System_Distribution_Guidelines

EDIT : tu peux aussi lire ce message de jxself (posté aujourd'hui même).

Sous archlinux ou debian (à voir sous d'autres distros), il y a vrms ( virtual richard M Stallman ) qui peut donner une première idée.

exemple sous ma debian :
$ vrms

No non-free or contrib packages installed on ! rms would be proud.

sous ma archlinux :
$ vrms
dwarffortress-mayday: ['custom:dwarffortress']
eclipse-wtp: ['Eclipse Public License']
popcorntime-yify-git: ['GPLv3']
vim-arduino-syntax: ['Vim license']

Non-free packages: 4

However, there are 220 ambiguously licensed packages that vrms cannot certify.

On peut voir que ça reste limité mais ça peut déjà aider un peu ;-)