¿Forma alternativa de verificar la integridad de un Sistema Operativo?

Supongamos que una persona que no sabia nada de md5sum,sha256sum,GnuPg,AIDE,MitM,etc se baja un S.O,en este caso Trisquel.El sistema le gustó bastante y ya lleva años usándolo pero un día se lleva la sorpresa (porque fue aprendiendo,ya saben,poco sabía nomas le gustó el sistema y fue aprendiendo de a poco) que los md5sum y en especial GnuPg sirve para verificar la integridad y procedencia de un sistema y archivos en general.La persona se baja un iso con la debida verificación, lo graba, y ya es indudable que ese nuevo CD o DVD (en caso de Trisquel 7) es original,pero ahora le queda la duda(en cuanto al la instalación que hizo hace años y ese primer cd ya se rayó) y ya tiene bastantes archivos en su pc,música,películas...juegos con Wine xDDDDDDDDDDDDD,etc y no le gustaría conseguirse 12 o 15 pendrive`s , y es obvio que al principio no instaló AIDE y si ahora duda de la procedencia de su s.o, como que no tenía mucho sentido.
¿hay alguna forma de reinstalar el s.o pero haciendo que la carpeta /home/ quede intacta?Y para que dicha persona no quede con la duda(y quizá sea mejor que reinstalar)¿hacer algo como poner el cd o dvd del sistema correspondiente,asi en modo livecd,sacar el md5 o sha256sum de binarios importantes,(ejemplo:cat,ls,netstat, y otros...) que se sabe que(aparte de los log`s) son el blanco de la gente que se dedica al cracking,la suplantación y cosas esas,compararlos con los de el sistema que está instalado en el disco duro para ver si fueron cambiados o no, y si fueron cambiados reemplazarlos por los auténticos o bien como dije antes,reinstalar todo sin borrar /home/?
Todos comienzan sin saber nada,por tanto pienso que sería importante hacer esta pregunta aquí.
Eso es todo,gracias por la atención y como dije en otras preguntas.
Buen S.O :)
Saludos :)