¿Qué pasa si se borran archivos del sistema?

Hace poco copié de /root a /home/user un archivo que se llama .bashrc porque borre mi copia por accidente, pero luego vi que los permisos estaban mal, el archivo todavía le pertenecía a root. Primero hice "sudo su" y luego hice "cd" para cambiar a /root , de ahí copie "cp .bashrc /home/user" y cuando me di cuenta de que el archivo aún era de root hice "cp /home/user/.gtkrc-2.0 /root" y "cp /home/user/.Xauthority /root" y "sudo thunar" desde entonces todas las aplicaciones gtk y qt4 se inician con el mismo esquema de color jejeje, pero el punto es que manejar archivos como súper usuario me pareció muy arriesgado y me pregunto qué hubiera pasado si hubiera borrado o movido un archivo del sistema por accidente mientras usaba Thunar.