Configuración Particiones

Hola gente...les quería hacer un comentario haber si alguna vez le ha pasado.
Resulta que tenía una PC con dos 3 particiones primarias NTFS, quería instalar Trisquel y ademas otra tener otra NTFS mas. Por lo cual si o si la única solución que me quedaba era crear una tabla de particiones y agregar las particiones lógicas para Trisquel en su interior y la NTFS para otro sistema (que en el momento de la instalación lo dejo como espacio libre sin formato), lo cual quedaría así:

NTFS primaria
NTFS primaria
NTFS primaria
Tabla particiones
ext4 /
ext4 /home
swap
Libre

Muy bien...Con esa estructura pude superar la limitación de la cantidad de particiones primarias. Una vez termino instalar Trisquel, ingreso al otro sistema que usa NTFS (windows), intento dar formato al espacio libre pero no me deja. Bueno, reinicio e ingreso a Trisquel para dar formato al espacio libre, lo formateo pero al reiniciar ya no me aparecía mas el grub y todas las particiones ext4 quedaron sin datos aunque seguían existiendo.
Con fdisk -l /dev/sda, podía ver cada una de ellas. Cuando las montaba a cada una, las NTFS tenían todos los datos pero las ext4 (que están en una tabla extendida) no podía ver su información.

Es como que hay problemas entre NTFS en tablas de particiones creadas por otros sistemas operativos, windows no podía darle formato a ese espacio libre...mmm muy limitado...
es recomendable mezclar distintos sistemas de archivos de unidades lógicas en una misma tabla extendida? Aclaro que estas unidades pueden ser usadas por dos o mas sistemas operativos.