¿Se pueden ejecutar solos los archivos ejecutables en Linux?

NO.
En sistemas UNIX, todo programa necesita ejecutarse por medio de un usuario, esto quiere decir que es un sistema multiusuario. Todo se ejecuta en el espacio del usuario. Recuerda que Root es el Dios del sistema, todo lo puede hacer, así también lo puede desacher. Por ello, siempre es recomendable que ejecutes los procesos con un usuario común. Esto garantiza que nunca podrá hacer cambios en el sistema.

Ocultar o disfrazar te refieres a malware, virus? Para buscar ejecutables en tu sistema
sudo find / -perm / a=x

Con sudo ejecutas un comando como root, por lo que accederá a todos los archivos y directorios.

Sds

Para aprender mas a encontrar tus archivos, puedes aprender bien el comando find. Es muy amplio, podrás encontrar cualquier cosa una vez lo sabes usar.
Ver http://www.linuxtotal.com.mx/index.php?cont=info_admon_022

https://www.gnu.org/software/findutils/manual/html_mono/find.html

Sds

>Se puede ejecutar un programa sin intervención del usuario, también me da curiosidad saber si un ejecutable se puede ocultar o disfrazar en el sistema

La pregunta está muy vaga. Parece que no sabes bien que es lo que quieres preguntar. La respuesta depende de que significas con “ejecutar sin intervención del usuario” y “disfrazar”.

En cualquier sistema GNU/Linux moderno, se ejecutan muchísimos programas sin que el usuario se dé cuenta, pero el usuario intervino indirectamente. Por ejemplo, en Debian puedes consultar “/etc/crontab” y otros cuántos archivos que son la configuración de corn, un programa que ejecuta otros programas de forma periódica (o casi periódica) sin intervención adicional del usuario. Cuando se accede a una página web, con la mayoría de navegadores gráficos, el JavaScript contenido se ejecuta sin preguntarle al usuario, nuevamente sin intervención adicional (yo lo bloqueo con NoScript excepto para sitios que autorizo). Hay muchísimos ejemplos como éstos. Como ves, si hay intervención del usuario, pero puede que éste ni si quiera se dé cuenta de que indirectamente está ordenando que se ejecuten tales programas, entonces el usuario puede percibir que se están ejecutando tales programas sin su intervención.

Por convención, los nombres de archivos (incluyendo directorios) que empiezan con “.” son llamados archivos ocultos. A nivel del kernel no hay diferencia, pero muchos programas de espacio de usuario los tratan diferentemente. Por ejemplo, la mayoría de navegadores de archivos no muestran estos archivos salvo que lo solicites explícitamente. El directorio personal de cualquier usuario suele tener muchos archivos de este tipo: para verlos puedes usar “ls -la” (por ejemplo). Lo mismo se puede utilizar para “ocultar“ un ejecutable.

Pienso que el OP se refiera a lo que es el mayor problema de Windo$e, es decir la capacidad que tiene el malware en ese sistema de auto-ejecutarse.
Si es esto lo que pregunta, la respuesta es: Absolutamente NO!